A estrutura de Governança do Prominp apresenta três níveis de gestão: Comitê Diretivo, Comitê Executivo e Comitês Setoriais. Adicionalmente, foi definida a função de Coordenação Executiva, cujo objetivo principal é coordenar as atividades do Programa, garantindo assim que o andamento do mesmo esteja alinhado com as diretrizes elaboradas pelos Comitês Executivo e Diretivo.

Originalmente, foram criados quatro Comitês Setoriais para tratar dos principais segmentos da indústria de petróleo e gás natural: Exploração & Produção; Transporte Marítimo; Abastecimento; e Gás & Energia e Transporte Dutoviário. Posteriormente foi criado um quinto Comitê, de temas gerais, que aborda questões comuns aos quatro segmentos industriais do setor. No início de 2008, foi incorporado mais um Comitê Setorial para tratar especificamente do tema Meio Ambiente.